En mayo de 2011 el juez de la Audiencia Nacional de España (AN) que lleva la causa en Madrid, Eloy Velasco, emitió una primera orden de captura contra los 18 militares salvadoreños. Sin embargo, la Corte Suprema de Justicia (CSJ) salvadoreña alegó que el caso ya había sido juzgado y que a los militares los protegía una ley de amnistía de 1993. Además, el gobierno anterior al actual protegió a los reclamados, al albergarlos en un cuartel del Ejército.
De los seis jesuitas asesinados por los soldados, cinco eran de nacionalidad española, entre ellos Ignacio Ellacuría e Ignacio Martín-Baró, rectores de la Universidad Centroamericana (UCA) y reconocidos integrantes de la Teología de la Liberación. También fueron asesinadas dos mujeres salvadoreñas que eran colaboradoras de los jesuitas.
A los 18 militares retirados se les acusa de crímenes de lesa humanidad y de actos terroristas
En sus declaraciones desde España, Bernabeu explicó que el juez Eloy Velasco «ha pedido que se reiteren las órdenes de captura internacionales» contra los 18 militares retirados, a quienes se les acusa de crímenes de lesa humanidad y de actos terroristas. Se estima que la masacre jesuita, la mayor hasta ahora cometida contra la Compañía de Jesús, fue uno de los peores actos de violaciones a los derechos humanos cometidos en El Salvador, donde incluso se había asesinado 9 años antes al Arzobispo de San Salvador, el hoy beato Oscar Arnulfo Romero.
«Ahora dependerá de las autoridades salvadoreñas si arrestan a los militares y los mantienen bajo custodia», dijo con esperanzas Bernabeu, quien apuntó que el juez Velasco «está haciendo una labor muy seria y admitió la semana pasada un escrito en el que pedían los querellantes reactivar la orden de captura contra los ex oficiales salvadoreños», lo que implicó la reactivación de las órdenes internacionales de captura de los presuntos asesinos de los jesuitas y las dos mujeres.
Las nuevas órdenes de captura son contra Juan Orlando Zepeda, Rafael Humberto Larios, Juan Rafael Bustillo, Francisco Elena Fuentes, José Ricardo Espinoza Guerra, Gonzalo Guevara Cerritos, Óscar Mariano Amaya Grimaldi, Antonio Ramiro Ávalos, Ángel Pérez Vásquez, Tomás Zárpate Castillo, José Alberto Sierra Ascensio, Guillermo Alfredo Benavides, Joaquín Arnoldo Cerna, Carlos Mauricio Guzmán Aguilar, Héctor Ulises Cuenca Ocampo y Óscar Alberto León.
De la lista de requeridos han sido excluidos René Emilio Ponce, quien ya falleció, e Inocente Montano, quien está preso en Boston, Estados Unidos, en espera de que la justicia de este país lo extradite a España.
Además de Ellacuría y Martín-Baró, fueron asesinados los jesuitas españoles Segundo Montes, Armando López y Juan Ramón Moreno, así como el salvadoreño Joaquín López. Las mujeres eran la cocinera Elba Julia Ramos y su hija Celina, de 16 años, ambas salvadoreñas. En la guerra civil de 1980 a 1992 fueron asesinadas 75.000 personas y 8.000 más quedaron desaparecidas.